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图书馆的前身是始建于1956年的原新疆医学院图书馆。2006年扩建馆舍面积为1.68万平方米，2020年主体搬迁至雪莲山校区，同时保留新医路校区图书馆功能，新馆馆舍面积4.8万平方米。图书馆馆藏资源丰富，图书馆纸本资源总量为170余万册；订购中外文数据库46个、订购中外文电子图书70.42万种、中外文电子期刊61.58万册（中文电子期刊57.96万册，外文电子期刊3.62万册）；NSTL授权使用的回溯数据库50个，包括Springer回溯数据库、Nature回溯数据库、OUP（牛津大学出版社）回溯数据库等1122种期刊、300多万篇外文文献。电子资源的内容主要涵盖医学、药学、生物、教育、社会科学等领域。
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